Sebagaimana diketahui bahwa pada Jaman Penjajahan Belanda, Sorong Doom secara geostrategic maupun geopolotik memiliki kedudukan yang sangat penting, maka Pemerintah Nederland Nieuw Guinea (KHUINE) menganggap perlu untuk mengangkat seorang Asisten Residen Koordination untuk 2 Onder Afdeling pada tahun 1952 yaitu :
- Onder Afdeling Sorong Olie
- Onder Afdeling Raja Ampat
Setiap Onder Afdeling dikepalai oleh seorang Hoofd Van Plaatse leyke Bistuur (HPB) dan keduanya berkedudukan di Sorong Doom. Pada tahun 1956 Afdeling West Nieuw Geinea kemudian dibagi menjadi 2 (dua) Afdeling yang terdiri dari :
- Afdeling West Nieuw Gunea
- Afdeling Fak-Fak
Dengan terpecahnya Afdeling tersebut, maka Afdeling West Nieuw Guinea yang semulanya berkedudukan di Sorong Doom, Dipindahkan ke Manokwari. Akibat dari pemecahan tersebut, Afdeling West Nieuw Gunea sebanyak 8 (delapan) Onder Afdeling menjadi 6 (enam) Onder Afdeling yang meliputi :
- Onder Afdeling Raja Ampat
- Onder Afdeling Sorong Oile
- Onder Afdeling Ayamaru (tahun 1955 dipindahkan ke Teminabuan)
- Onder Afdeling Manokwari
- Onder Afdeling Ransiki
- Onder Afdeling Bintuni
Pembagian wilayah seperti tersebut di atas berlangsung sampai dengan penyerahan Pemerintah atas Irian Barat kepada penguasa sementara perserikatan Bangsa – Bangsa / UNTEA pada tanggal 1 Mei 1963. Setelah penyerahan Irian Barat secara penuh kepada Pemerintah Republik Indonesia oleh UNTEA, maka pada tahun 1965 berdasarkan berbagai pertimbangan diangkat seorang Wakil Bupati Koordinator berdasarkan Keputusan Perdana Menteri Pertama Nomor : 129 Tahun 1965 yang berkedudukan di Sorong. Wakil Bupati Koordinator yang Berkedudukan di Sorong ini diberi tugas antara lain :
- Mengkoordinir Pelaksanaan Tugas Pemerintah oleh Kepala Pemerintah setempat (KPS) Sorong, Raja Ampat, Teminabuan, dan Ayamaru.
- Mempersiapkan Pelaksanaan Pemecah Kabupaten di Irian Barat Bagian Barat menjadi 2 (dua) Kabupaten.
Berdasarkan Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor : 22 Tahun 1967, tanggal 14 Juni 1967, Kedudukan wakil Bupati Koordinator Wilayah Kepala Pemerintah Setempat Sorong, Raja Ampat, Teminabuan, dan Ayamaru di bentuk satu Wilayah Kabupaten Administrasi dan terpisah dari Kabupaten Manokwari.
Dengan berhasilnya pelaksanaan penentuan pendapat Rakyat pada tahun 1969, dengan baik dan sukses, maka sebagai tindak lanjut atas keberhasilan itu, oleh Pemerintah Republik Indonesia ditetapkan Undang-Undang Nomor : 12 tahun 1969 tentang pembentukan Provinsi Otonomi Irian Barat dan setelah penetapan Undang-Undang Nomor : 12 tahun 1969, maka status Kabupaten Administrasi Sorong menjadi Kabupaten Otonomi Sampai dengan Tahun 1972 yang terdiri atas :
- Wilayah Kepala Pemerintah Setempat Sorong dengan Ibu Kota Sorong
- Wilayah Kepala Pemerintah Setempat Raja Ampat Ibu Kota Sorong Doom terbagi atas:
- Distrik Salawati Utara Ibu Kota Doom
- Distrik Salawati Selatan Ibu Kota Seget
- Distrik Waigeo Utara Ibu Kota Kabare
- Distrik waigeo Selatan Ibu Kota Saonek
- Distrik Misool Ibu Kota Waigama
- Wilayah Pemerintah Setempat Teminabuan dengan Ibu Kota Teminabuan
- Wilayah Pemerintah Setempat Ayamaru dengan Ibu kota Ayamaru
Dalam perkembangan selanjutnya, bahwa untuk mendekatkan pelayanaan dan memperpendek rentang kendali sebagai bagian dari subtansi pelaksanaan otonomi daerah sehingga Pemerintah Republik Indonesia dengan memperhatikan aspirasi dan tuntutan masyarakat Papua mengeluarkan/menetapkan Undang-Undang Republik Indonesia Nomor : 21 tahun 2001 tentang otonomi khusus bagi Provinsi Papua, dan juga dalam beberapa waktu kemudiaan ditetapkannya Undang-Undang Nomor : 26 Tahun 2002 tentang pemekaran 14 Kabupaten di Provinsi Papua dan Raja Ampat Sebagai salah satu Kabupaten dari 14 Kabupaten pemekaran tersebut.
Selanjutnya dengan surat Keputusan Menteri dalam Negeri Nomor : 131.81-172 tahun 2003 tanggal 10 April 2003 Saudara Drs. MARCUS WANWA, M.Si dilantik sebagai Pejabat Bupati Raja Ampat oleh Menteri Dalam Negeri atas Nama Presiden RI pada tanggal 12 April 2003 di Jayapura . Dan pada tanggal 9 Mei 2003 secara defacto dimulainya administrasi Pemerintahan di Waisai sebagai Ibu Kota Kabupaten Raja Ampat yang ditandai dengan dibukanya selubung papan nama Kantor Bupati Raja Ampat oleh Gubernur Provinsi Papua almarhum Dr. Drs. JAP SALOSA, M.Si yang disaksikan Oleh Bupati Sorong dan Ketua DPRD Sorong. Dan pada tanggal dan bulan tersebut disepakati bersama oleh seluruh komponen masyarakat Kabupaten Raja Ampat sebagai tanggal dan bulan untuk diperingati sebagai Hari Ulang Tahun Kabupaten Raja Ampat.
Bupati dan Wakil Bupati Raja Ampat Periode Pertama (2005-2010) dan Periode Kedua (2010-2015) adalah Drs. WARCUS WANMA, M.Si dan Drs. INDA ARFAN yang dipilih secara langsung oleh masyarakat Kabupaten Raja Ampat, hingga pada tanggal 9 Desember 2015 masyarakat Kabupaten Raja Ampat mempercayakan kepemimpinan Bupati dan Wakil Bupati Kabupaten Raja Ampat untuk Periode Ketiga (2015-2020) kepada saudara ABDUL FARIS UMLATI, SE dan MANUEL PITER URBINAS, S.Pi.,M.Si. Selanjutnya pada tanggal 9 Desember 2020 masyarakat Kabupaten Raja Ampat kembali mempercayakan kepemimpinan Bupati dan Wakil Bupati Raja Ampat Periode Keempat (2020-2024) kepada saudara ABDUL FARIS UMLATI, SE dan ORIDEKO I. BURDAM, S.IP.,MM.M.EC.DEV yang ditetapkan dalam keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor : 131.92-382 tanggal 24 Februari 2021 dan dilaksanakan pelantikan Bupati dan Wakil Bupati Kabupaten Raja Ampat oleh Gubernur Papua Barat atas Nama Menteri Dalam Negeri Republik Indonesia di Manokwari pada tanggal 26 Februarai 2021, dengan demikian lahirlah generasi baru pemimpin muda di bumi ribuan pulau Kabupaten Raja Ampat yang terdiri dari 24 Distrik, 4 Kelurahan dan 117 Kampung.